if (MessageBox.Show("Deseja fechar a janela ?", "Confirmação", MessageBoxButton.YesNo) == MessageBoxResult.Yes)
{
// fechar a janela
}
else
{
// Tomar outra ação
}

MessageBoxResult result = MessageBox.Show("Deseja fechar esta janela ?",
"Confirmação", MessageBoxButton.YesNoCancel);
if (result == MessageBoxResult.Yes)
{
this.Close();
}
else if (result == MessageBoxResult.No)
{
// Código para o botão No
}
else
{
// Código para o botão Cancel
}

MessageBoxResult result = MessageBox.Show(this, "Deseja fechar a janela",
"Confirmação", MessageBoxButton.OKCancel, MessageBoxImage.Warning);
if (result == MessageBoxResult.OK)
{
this.Close();
}
else
{
/// ação para o botão Cancel
}